臺南市美術館2館是臺南市區近幾年最亮眼的地標之一，文化部選定2館為臺南國家美術館館址，於明(2025)年3月先成立籌備處，引入中央館舍資源，依照文化部現有規劃，未來會依照「中央行政機關組織基準法」規定成立；行政法人臺南市美術館則會持續維持獨立營運，除現有1館（原臺南警察署）之外，對街現屬農水署嘉南管理處的「原嘉南大圳組合事務所」也將成為臺南市美術館新場館。
南美館2館將升格為臺南國家美術館(圖 / 南市文化局提供)。
文化局表示，就法制面而言，南美館作為臺南市行政法人，即便在臺南國家美術館成立之後，也不會變成中央的行政法人，爾後會與屬於公部門的臺南國家美術館並行，並無所謂升不升格的疑義。此外，臺南國家美術館將座落在擁有臺南孔廟、林百貨、國立臺灣文學館等臺南古蹟、博物館最密集的重點區域，這對於未來臺南要打造如同美國華盛頓特區「史密森尼博物館群」或德國柏林「博物館島」的「臺灣之心」博物館聚落將是非常重要的基礎工作，更是國際旅客來臺旅遊與認識台灣文化的重要窗口之一。
未來由文化部籌辦的臺南國家美術館擇期進駐南美館2館後，行政法人臺南市美術館作為「臺南」的美術館，將會持續規劃營運方向與目標，思考如何將臺南長期蓄積的藝術量能與國際當代藝術領域連結，並引入更多國內外藝術量能與專業人才，尤其臺南市美術館擁有全國唯一的美術科學研究中心，且具對內和對外承攬藝術品文物檢測與修復服務的能量。臺南市美術館之於臺南市的藝文發展相當重要，未來在場館正式移撥前，南美館團隊仍會持續營運一、二館，114年預算也如常編列，依舊會持續朝推動台南市美術策展研究及教育的地方平台，並持續與國際藝術領域進行專業交流。
文化局強調，臺南市美術館與未來的臺南國家美術館雙雙連手，對於推動臺灣藝術發展只會更好，對建構臺南成為一個藝術的城市亦有重大助益。市府盼在中央資源挹注下，讓臺南藝術觀光能量更為蓬勃發展，而未來行政法人的營運，也會與中央級的臺南國家美術館相互扶持並行，以共生共榮方式攜手前行，讓臺南除了是文化首都也是南台灣藝術重鎮。